Im Vorraum der Krypta erinnern Bilder an die Klausnerin Wilbirg und an Bischof Altmann von Passau. Unter dem Hochaltar der Stiftsbasilika ist der älteste Sakralraum des Stiftes mit romanischen und gotischen Elementen.
Hier steht auch der Steinsarg der Klausnerin Wilbirg, die 41 Jahre lang in einer Klause neben der alten Stiftskirche lebte und 1289 im Ruf der Heiligkeit starb. Sie wird als Schutzpatronin des Stiftes verehrt.
Hier ist auch der erste Begräbnisort des Märtyrers Florian. Ein Mühlstein zeigt symbolhaft die Art seines Martyriums. In zwei Steinsarkophagen sind die Gebeine der Valeria, die für das Begräbnis des hl. Florian sorgte, und der Klausnerin Wilbirg aufbewahrt.
Krypta der Stiftsbasilika mit den Sarkophagen Valerias und Wilbirgs
