Die Gruft aus dem 13. Jhdt. stellt das Fundament der heutigen Barockkirche dar und diente als Priesterfriedhof. Auch heute werden hier noch die verstorbenen Stiftsvorsteher (Pröpste) beigesetzt.
Unter der Stiftsbasilika befindet sich die Gruft, in der bis zum Jahr 1780 die Augustiner Chorherren ihre letzte Ruhestätte fanden (seither ist der Priesterfriedhof gegenüber vom Hauptportal der Stiftsbasilika!). Die Prälaten werden heute noch in der Gruft bestattet. Unter der Brucknerorgel finden wir das Grab Anton Bruckners (1824 - 1896). Dieser große österreichische Komponist war im Stift Sängerknabe und Organist. Er wollte unter der großen Orgel begraben sein. In der Gruft sind noch schöne gotische und barocke Grabmäler zu sehen.
